“Hayvan Refahı”nın bilimsel olarak spesifik bir şekilde tanımlamak zordur ancak iyi bir çiftlik yöneticisi hayvan refahına uygun veya uygun olmayan bir durumu gördüğü zaman bunu anlayabiliyor olmalıdır.
Günümüzde inekler çok fazla çevresel stres faktörleriyle karşı karşıya kalmaktadır. Buna örnek olarak sıcaklık stresi, kalabalık, bulaşıcı hastalıklar, kötü havalandırma, kötü zemin, rahatsız yataklıklar, kötü bir yönetim veya hayvan idaresi gibi etmenler sıralanabilir. Sıcaklık stresinin hayvanın fizyolojisine ve verimliliğine olan etkisi yeterince açıklanmıştır. Çalışmalara göre ileri gebelik dönemlerinde sıcaklık stresine maruz kalan ineklerin yavru ağırlıkları azaldığı ve sonraki laktasyonda süt verimlerinin azaldığı gözlemlenmiştir.
Kötü havalandırma, kalabalık, kötü yataklıklar vb. gibi stres faktörlerinin biyolojik tepkileri tam olarak açıklanamamıştır. Ancak kalabalık ahırlarda hayvanların yeterince yatamadığı ve daha fazla ayakta durduğu gözlemlenmiştir, bu da ayak problemlerine yol açmaktadır. Yine kalabalık ahırlarda yemlik veya benzeri ortak kullanım alanlarında rekabet daha fazla olmakta, bazı hayvanların bu alanlardan daha az yararlandıkları görülmektedir. Doğumu yaklaşan veya kendisini iyi hissetmeyen hayvan kendine daha izole bir yer arar ancak kalabalık ahırlar bu duruma elverişli olmadığı gibi bu hayvanlardaki stres durumunu arttırmaktadır.
Stres tepkisi, bir stres etkeninin algılanmasından ve buna karşı oluşturulan biyolojik savunmadan oluşur. Bir ineğin verimliliğini olumsuz etkileyip etkilemeyeceğini belirleyen son aşamadır. Çoğu zaman hayvanın tepkisi, stres faktöründen uzaklaşmak olarak gerçekleşir. Örneğin çekingen ineğin baskın ineğin etrafında dolaşmaması veya ondan uzak durması gibi. Bu sayede inekler stres faktöründen olabildiğince uzaklaşmaya ve stres faktörünün vücutta oluşturduğu etkiyi minimuma indirmeye çalışır. Ancak çoğu zaman bu faktörlerden kaçmak mümkün değildir,bu yüzden çiftlik yöneticisinin bu tarz durumları çok iyi izlemesi gerekir.
Nöroendokrin sistem normal işlevlerini yerine getirebilmek için hipofiz hormonlarının salgılanmasını değiştirir. Bir strese yanıt olarak gerçekleşen hormon fonksiyonlarındaki değişiklikler hayvanın metabolizması, üreme performansı, laktasyon performansı, bağışıklığı ve davranışları gibi neredeyse tüm yaşamsal fonksiyonlarını etkiler. Stres ile ilgili olan vücuttaki tüm sistemlerde biyolojik değişikliklere neden olur, bu da hayvanın sağlığı ve verimliliği üzerine direkt etki eder. Böylece vücuda alınan besin maddelerinin yararlanım şekilleri de değişikliğe uğrayabilir. Örneğin yavrusu için enerjiye ihtiyaç duyan bir inek, aldığı enerjiyi stres faktörü ile savaşmak için kullanabilir.
Hergün ineklerin maruz kaldığı bu stres faktörleri ve ineklerin buna karşı oluşturduğu biyolojik maliyet işletmeler için önemsiz görülebilir. Ancak uzun süreli veya şiddetli bir stres ile karşı karşıya kalan hayvanın bununla baş etmesi yönetilmesi maliyetli ve zor bir süreçtir.